日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。
但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面…
当灯光暗下，银幕亮起那艘名为“阿芙洛迪特号”的豪华客轮时，我立刻被《名侦探柯南：水平线上的阴谋》独特的氛围所吸引。与以往柯南剧场版常见的陆地场景不同，这部2005年上映的第9部剧场版将整个故事搬到了海上，封闭的船舱空间与浩瀚的海洋形成了绝佳的推理舞台，那种局促不安与广阔未知交织的感觉贯穿始终。
影片最令人惊喜的莫过于毛利小五郎的角色突破。不同于平时那个昏庸搞笑、依赖柯南提示的“沉睡小五郎”，这次他真正展现了作为前刑警的敏锐直觉和推理能力。当他独自分析案情时的眼神变化，从散漫到专注，再到恍然大悟的神态转换，神谷明的配音功不可没。尤其是他因凶手与妻子妃英理相似而格外在意的细节，不仅解释了他超常发挥的原因，更让这个平日滑稽的角色瞬间有了深度和人情味。这种人物弧光的设计远比单纯展示主角光环要高明得多。
叙事结构上，导演山本泰一郎采用了双线并进的手法，将15年前“第一八代丸”沉船事故与当下接连发生的谋杀案巧妙串联。当柯南在现代客轮上抽丝剥茧时，观众也不自觉地跟随闪回片段拼凑历史真相。这种跨越时间的解谜体验比单一时空内的案件更有层次感。而园子被劫持、机房爆炸等突发事件接踵而至，使得剧情节奏异常紧凑，全程几乎没有冷场。
当然，作为一部柯南剧场版，少年侦探团的行动力依然夸张得可爱，他们穿梭于危机四伏的船舱中总能化险为夷。但相比其他作品，本作对新一与小兰情感线的刻画更为含蓄动人，几次欲言又止的对视胜过千言万语。